对于房地产开发商而言，运作商业地产通常有“只租不售”、“完全出售+后续管理”、“租售结合”、“先售后租”等形式。
房地产企业需要考虑各种不同运作模式对商业地产增值税处理所带来的影响。
举例而言，营改增后商业地产业务可能出现的增值税常见问题包括：如何管理进项税额与销项税额的匹配度：与地产销售业务类似，在商业地产的经营活动中也可能出现进销项错配的情况。
相关企业应准确匡算进项税额得以实现全部抵扣的时间表，一方面从财务管理上考虑进项税额不能及时抵扣对房地产企业资金占用带来的现金流影响，另一方面从业务运作模式调整上考虑如何使得进项税额尽快合理合法抵扣销项税额；如何识别商业地产收益的性质并区分其收入组成：源自商业地产的收益在形式上表现多样，这些收益既可能表现为不动产租金（可能适用11%增值税税率）、资金融通收益（可能适用6%增值税税率），也可能包含设备出租、水费、电费、电话费、上网费、传真费、物业管理费、装修费用等名目的收入（可能各自适用6%、11%或17%的增值税税率），甚至归属于不征收增值税的投资收益。
因此相关房地产企业需要对商业地产的每一类别的收入在合同上进行合理安排和细致划分，并做好会计资料支持，按各自适用的增值税税率进行申报，避免由于会计核算不清导致税务机关按照最高增值税税率征收增值税，从而导致较高的税务成本。
