如果非营利的公共配套设施属多个开发项目共有，对后续发生的房地产开发成本应当按该房地产开发项目的建筑面积占总建筑面积或其他合理的方法进行分摊。
但《土地增值税暂行条例实施细则》第8条规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算；国税发〔2006〕187号文件规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
也就是说，土地增值税是以一个清算单位进行的清算，对属于同一清算单位所发生的房地产开发成本费用是不得从其他的房地产开发项目中扣除的。
所以，你公司在一个清算单位的土地增值税清算之后发生的后续支出，如果是属于该清算单位扣除范围的，应提供相关资料，申请税务机关重新启动原有清算单位的土地增值税清算程序，变更原清算结果，对原多缴的土地增值税可以依法申请税务机关退还。
